У матери Джонни, Бетти-Сью Уиллс Палмер Депп было несколько замужеств. Джонни был последним ребенком в ее втором замужестве за Джеком Джоном Деппом. Кроме Джонни у нее было еще трое детей. Старшие - Дэниел и Дебби от первого замужества, и единокровная сестра Джонни - Кристи.

Мать Джонни родилась в Floyd County, KY в 1935 году. Бетти-Сью работала официанткой с 14-ти лет. Джонни рассказывает о своей матери: "Мать ругалась как моряк, играла в карты и курила". Первое, что помнит Джонни, это белые скатерти на столиках закусочных, где он частенько дожидался окончания ее рабочего дня.

Отец, Джон Депп-старший, служил городским инженером. Семья часто переезжала с места на место. Джонни рассказывает в интервью, что он не может понять почему его родителям все время не сиделось на месте. Зачем были нужны эти частые переезды. Он гвоорит, что однажды они переехали просто в соседний дом на той же улице. Джонни не успевал завести себе друзей на новом месте, как семья снова срывалась и ехала в другой город. Зачастую Джонни приходилось спать в коробке, потому что мебель было некогда расставить.

В то время, когда я был мальчиком, мне пришлось жить в разных местах. Однажды мы поселились в Мирамар, во Флориде, ужасный период. Мы жили на 68-й Авеню, недалеко от здания Суда, на углу проезжей улицы. Дом был построен в стиле 60-х годов и имел три спальни. Я до сих пор помню запах бобов и ветчины на нашей кухне. Помню, как мои брат и сестра, шутя, дрались друг с другом. У меня был пудель по кличке Пеппи. Спальню я делил с братом, который старше меня на 10 лет. Он заслушивался музыкой Вана Моррисона и Боба Дилана. Мы постоянно передвигались. Мама любила переезды по нескольким причинам. К тому времени, как мне исполнилось 15 лет, мы уже много раз поменяли места жительства. Нелегкое было время. В зависимости от того, насколько быстро мы переезжали с места на место, мне приходилось встречаться со многими людьми, у меня то и дело появлялись новые друзья.

Его родители развелись, когда Джонни было 15 лет. Развод оказался для подростка сильнейшим ударом. Он рассказывает, что помнит, как в семье были постоянные скандалы, а дети решали кто с кем будет жить в случае расставания родителей. Джонни, как самый маленький ребенок, остался с матерью. Он постарался взять на себя опеку над ней, пытаясь заменить ей ушедшего отца.

Однако, в этом же возрасте, после развода родителей, Джонни практически уходит из семьи и живет в машине его друга Сэла Дженко.

Чуть позже Джонни сделает тату с именем матери на левой руке. С отцом у Джонни отношения будут натянутыми долгое время.

Она буквально заболела. Жизнь, которую она знала на протяжении 20 лет, закончилась. Ее партнер, ее муж, ее лучший друг, ее любовник - просто оставил ее. Я был сломлен, когда он ушел, но когда ты сталкиваешься с чем-то вроде этого, удивительно, сколько надругательств на самом деле могут перенести человеческие ум и сердце. Ты просто принимаешь то, что тебе нужно принять. Конечно, иногда я думал: погоди-ка минуту, что случилось с моей семьей? Как насчет стабильности и безопасности дома? Но эти мои чувства были вторичны относительно мыслей о моей маме. Я сфокусировался на том, чтобы она смогла пережить это, что она в конце концов и сделала, и теперь все в порядке. И я даже в хороших отношениях с моим папой. (1996 год. Интервью для журнала "Плейбой")

Отец Бетти-Сью был чистокровным индейцем чероки. Джонни так вспоминает о своих индейских предках: «Я помню ногти на ногах у моей прабабки. Не знаю, почему я запомнил именно их, но они отпечатались в моем сознании навсегда. Они походили на орехи кешью. Прабабушка умерла примерно в 102 года, я тогда был еще совсем ребенком»

Другой его дедушка, Джим, ирландец по происходжению, стал настоящим другом для Джонни. "Он был прекрасной моделью. Он водил автобус днем и гнал самогон из кукурузы ночью. Он был вроде Роберта Митчума, модник. Он всегда говорил о вещах так, как они есть. Он называл негра негром – и поссал бы на того, кому это не нравится. Он был также из другой эры – я имею в виду, из радикально другой эры, из такой, к которой относились некоторые из тех, о которых мы говорили, как Брандо или Хантер, и даже Кит [Ричардс] в некотором смысле, и в полной мере Ален. Я действительно верю, что это были лучшие времена. Я действительно верю, что в некотором смысле, если ты родился в шестидесятые или типа того, то у тебя за все просят слишком высокую цену – ты понимаешь, чем я? Я всегда чувствовал, что я должен был родиться в другую эру, в другое время»

Спустя некоторое время после развода, отец Джонни снова женился.

Сильное влияние на Джонни оказал его дядя Орен Ларри Депп, который служил проповедником в церкви. «Мой дядя был проповедником, и у него при церкви имелась группа, исполнявшая госпел. Он стоял во время службы на своем подиуме, вознеся руки вверх, и восклицал: "Придите и обретите спасение!" И толпа падала ниц и была готова целовать его ноги. Тогда я впервые увидел, каково это — быть кумиром. Мои двоюродные братья играли в церковной группе и исполняли всякие христианские песни. Именно тогда я впервые в жизни увидел электрогитару, Желание иметь точно такую же полностью захватило меня, так что маме ничего не оставалось, как купить у моих кузенов гитару за 25 долларов».

Джонни поддерживает теплые отношения с родителями. До недавнего времени, Джонни приглашал Бетти-Сью на премьеры и торжественные мероприятия, как, например, оскар 2004 года.

ПЛЭЙБОЙ: «Джамп Стрит» обеспечил тебе приглашение в Белый Дом к Рейгану.

ДД: Да, на мероприятие против наркотиков «Просто скажи нет». Это была самая большая шутка из всех. Но я взял с собой маму, и ей очень понравилось. Мы наблюдали за всеми этими людьми, каждый из которых играл в приличного человека, стараясь подобраться ближе к президенту. Мы отчаянно хотели кофе, но кофе был не разрешен – никакого кофеина. Люди отказывались от пьянки. Мы посмеялись.

ПЛЭЙБОЙ: Твоя мама киноман?

ДД: Она не говорит много о моих фильмах, хотя она знает, где я настоящий, когда это я взаправдашний. Она может просеять все это дерьмо, в котором я оказывался, и найти это. Я взял ее на премьеру «Дона Жуана» и после мы поговорили. Это было в гневе, со вспышками, и одним из самых грустных моментов, в которых вы меня можете застать.

ПЛЭЙБОЙ: Она гордая?

ДД: Иногда она до сих пор смотрит на меня и говорит: «Боже, ты можешь поверить в свою жизнь? В то, что ты пришел от жизни в мотеле ко всему этому?» Она до сих пор немного шокирована всем этим. Как и я сам. Я наверняка более шокирован, чем кто-либо еще. Иметь возможность зарабатывать деньги, кривляясь, говоря ложь! Когда все это началось около 8 лет назад, она все еще была официанткой. Посетители говорили ей: «Ты мама Джонни Деппа!», и она должна была бы гордиться этим. Потом все изменилось, и теперь это более дискомфортно. Кому ты можешь доверять? Кто настоящий, а кто просто улыбается? Я думаю, она устала от этого. (1996 год. Интервью для журнала "Плейбой")

Отец был на запечатлении отпечатков рук и ног в 2005 году, и вся его семья присутствовала на закладке Звезды в Аллее славы в 1999 году.